В соответствии с Положением о Межправительственном совете по вопросам агропромышленного комплекса СНГ от 30 ноября 2000 года Совет формируется из руководителей центральных органов исполнительной власти по вопросам агропромышленного комплекса государств – участников Соглашения о межгосударственных взаимоотношениях в аграрной сфере.
Заседания Совета проводятся поочередно на территориях государств – членов Совета. Очередность и сроки проведения заседаний определяются Советом.
Председатель Межправительственного совета по вопросам АПК СНГ (на 01.09.18) – заместитель Премьер-министра Республики Казахстан – Министр сельского хозяйства Республики Казахстан Умирзак Естаевич Шукеев (Решение Межправительственного совета по вопросам АПК СНГ от 21 сентября 2017 года.)
